Neben Burg und Marktplatz erzählt die im 14. Jhd. errichtete gotische Kirche St. Marien über die Geschichte der Stadt. Eine alte Linde mit einem Stammumfang von 8 Metern ziert als Naturdenkmal den Eingang der Kirche. Im Inneren des stattlichen Sakralbaus wird eine sagenumwobene Kette aufbewahrt, die der Teufel selbst geschmiedet haben soll. Sie scheint weder Anfang noch Ende zu haben. Man erzählt, dass die Bürger von Wesenberg einst einen Schmied beauftragten, eine Kette anzufertigen, die an der Kirchentür befestigt werden sollte. Als der Schmied die fertige Kette brachte, war man nicht zufrieden damit, sondern trug ihm auf, eine bessere zu fertigen. Als auch diese keinen Beifall fand, rief der erzürnte Schmied aus „So mag de Düwel jug ne Ked maken!“ (So mag der Teufel euch eine Kette machen) Am anderen Morgen hing dann wirklich die Kette an der Tür und man sagt, dass der Teufel sie gemacht hat. Vor einigen Jahren, wird weiter erzählt, sei ein Mädchen von Wesenberg nach Neustrelitz gegangen, das habe den Wesenbergern erzählt, ihr sei der Engel Gabriel erschienen und habe ihr gesagt, sie sei dazu bestimmt, die Kette zu entfernen. (nach Karl Bartsch aus dem Buch „Sagen/Märchen und Gebräuche aus Mecklenburg; Wien 1879)

Außerdem befindet sich in der Kirche eine frühbarocke Röder-Orgel, die unter anderem zu den Sommerkonzerten zu hören ist.

Der Grundriss des Chores der Stadtkirche Sankt Marien weist auf eine ländliche Feldsteinkirche aus der frühesten Kolonisationszeit hin. Die Ringmauern von Chor, Schiff und Turm wurden aus Findlingen unter teilweiser Verwendung von Backsteinen gefertigt. Die Stadtbrände hinterließen auch an Sankt Marien ihre Spuren. Beim Großbrand am 6. Oktober 1706 brannte die Stadtkirche. Der Großteil der Mauern und der Gewölbe blieben erhalten, der Turm wurde zerstört. Selbst die fünf Glocken hielten dem Feuer nicht stand und schmolzen. Im Frühjahr 1707 wurde mit dem Aufbau der Kirche begonnen. Das beschädigte Netzgewölbe wurde wieder hergerichtet. 1715 erhielt die Kirche eine große und eine kleine Glocke. Die mittlere Glocke mit Inschrift, die Bürgerglocke, war 1780 das erste Mal zu hören. Die Glocken wurden im Glockengraben gegossen.